Коллекция структурно подразделяется на основную (коллекция редкой книги) и научно-вспомогательную (библиотечную).

Коллекция редкой книги включает в себя:

1. Произведения Л.Н.Толстого:

• прижизненные (первые публикации в периодике, первые отдельные издания)
• издания для народа («Посредник», «Единение, «Обновление», «Звезда», «Толстовское общество в Москве», «Всемирный вестник», «Свободное слово»)
• собрания сочинений (прижизненные, посмертные дореволюционные, советского периода)
• книги с интересной судьбой (1920-х гг., периода Великой Отечественной войны)
• особо художественные; миниатюрные, малоформатные издания
• книги, напечатанные не типографским способом (литографированные, машинопись и др.)

2. Мемуары о Л.Н.Толстом (прижизненные, посмертные дореволюционные, первых лет советской власти).

3. Исследования о Л.Н.Толстом (прижизненные, посмертные дореволюционные, первых лет советской власти).

4. Круг чтения Л.Н.Толстого; дубликаты мемориальной библиотеки.

5. Книги, принадлежавшие членам семьи Л.Н.Толстого.

Научно-вспомогательный (библиотечный) фонд включает в себя:

1. Издания толстовианы на русском и языках народов России: произведения Л.Н.Толстого; книги толстоведческой тематики; журнальная периодика с материалами о Л.Н.Толстом; фонд газетно-журнальных вырезок толстовианы.

2. Научные и справочные издания в соответствии с профилем музея по отдельным областям знания (филология, философия, история, религия, педагогика, искусство, музееведение).

3. Фонд литературы на иностранных языках: произведения Л.Н.Толстого; литература толстоведческой тематики; периодика с материалами о Л.Н.Толстом.